【2026年最新】中小企業向け勤怠管理システム比較7選|料金・機能・選び方を徹底解説

勤怠・労務

※ 本記事は 2026年5月 時点の情報に基づきます。料金・機能は変動するため、最新情報は各サービス公式サイトをご確認ください。本記事には広告(アフィリエイトリンク)を含む場合があります。

こんな方におすすめの記事です

紙のタイムカードや Excel での勤怠管理から脱却したい中小企業の経営者・管理者向けに、クラウド勤怠管理システムの比較ポイントとおすすめ7サービスを徹底解説します。

  • Excelやタイムカードでの勤怠管理に限界を感じている中小企業の経営者・総務担当者
  • 法改正(働き方改革・36協定等)に対応した勤怠管理を実現したい方
  • テレワーク・直行直帰の従業員の打刻・残業管理を効率化したい方
  • 給与計算ソフトや会計ソフトとの連携を重視する方

勤怠管理システムを選ぶときの5つのポイント

勤怠管理ツールを選ぶ際は、自社の勤務形態・従業員規模・給与計算ソフトとの連携可否を踏まえて検討する必要があります。

  1. 打刻方法の多様性: PC・スマホ・ICカード・GPS・顔認証など、自社の働き方に合った打刻方法に対応しているか
  2. シフト・勤務形態への対応力: 変形労働・フレックス・裁量労働・夜勤など、複雑な勤務形態に対応しているか
  3. 給与計算ソフトとの連携: freee/マネーフォワード/弥生給与/PCAなど、利用中の給与ソフトとAPIまたはCSV連携できるか
  4. 法改正への対応スピード: 残業時間上限・有休5日取得義務・36協定など、最新法改正に追従できているか
  5. 費用対効果(従業員あたり単価): 初期費用・月額・サポート費用を含めたトータルコストが、現在の事務工数削減効果に見合うか

【一覧比較】中小企業向け勤怠管理システムおすすめ7選

本記事で取り上げる7つの勤怠管理システムを一覧で比較します。詳細は下の各製品紹介をご覧ください。

サービス名月額(税抜)推奨規模特徴
KING OF TIME330円/人10〜500名打刻方法と連携の豊富さ
ジョブカン勤怠管理200円〜/人5〜100名機能選択型で低価格
マネーフォワード クラウド勤怠320円/人10〜100名MF会計と連携最強
freee勤怠管理Plus要問合せ10〜200名freee連携で年末調整まで
タッチオンタイム300円/人10〜300名生体認証打刻機が強い
HRMOS勤怠 by IEYASU無料〜100円/人1〜50名30名以下無料が最強
ハーモス勤怠要問合せ10〜100名シンプル操作で定着

各勤怠管理システムの詳細紹介

KING OF TIME

国内シェアNo.1のクラウド勤怠管理

導入実績4万社超の定番サービス。打刻方法の豊富さ・他社サービスとの連携の広さに強み。給与計算ソフトとの連携実績多数。

  • 料金: 330円/人・月(税込)
  • 主な機能: PC/スマホ/ICカード/顔認証/GPS打刻、シフト・有休管理、勤務形態テンプレート豊富
  • おすすめの企業規模: 10名〜数百名の中小〜中堅企業

ジョブカン勤怠管理

シンプル・低価格でスタートしやすい

最小1名から利用可能で、必要な機能だけ選んで導入できるパッケージ構成。中小企業の支持が厚く、ヘルプも日本語充実。

  • 料金: 200円/人・月〜(機能により変動)
  • 主な機能: 打刻・シフト・休暇申請・予実管理を機能単位で選択可能
  • おすすめの企業規模: 5名〜100名のスタートアップ・中小企業

マネーフォワード クラウド勤怠

会計とシームレスに連携

マネーフォワード クラウドシリーズの一員。会計・給与・社保とAPI連携で給与処理が一気通貫に。

  • 料金: 320円/人・月〜
  • 主な機能: 豊富な打刻・申請ワークフロー・MF他サービス連携
  • おすすめの企業規模: 10名〜100名の MF 利用企業

freee勤怠管理Plus

freee人事労務と一体運用

freeeを既に利用している企業に最適。打刻データから給与計算・年末調整まで自動化できる。

  • 料金: プラン要見積
  • 主な機能: シフト・残業上限アラート・freee人事労務直結
  • おすすめの企業規模: freee利用の中小企業

タッチオンタイム

専用打刻機がコスパ抜群

指紋・カード・ICで打刻できる専用機をレンタル可能。現場系・店舗系で人気。

  • 料金: 300円/人・月
  • 主な機能: 指静脈/指紋/IC打刻、シフト管理、長時間労働対策
  • おすすめの企業規模: 店舗・工場・現場系の中小企業

HRMOS勤怠 by IEYASU

最大30名まで無料

30名以下なら全機能無料という業界最安級。スタートアップ・小規模事業に圧倒的に強い。

  • 料金: 30名以下無料 / 31名以上 100円/人〜
  • 主な機能: 打刻・シフト・申請・有休・36協定アラート
  • おすすめの企業規模: 30名以下のスタートアップ・小規模事業

ハーモス勤怠

シンプルUIで定着率高い

操作がシンプルでITに不慣れな現場でも定着しやすい。中小企業向けの設計。

  • 料金: 要見積
  • 主な機能: 打刻・申請ワークフロー・レポート
  • おすすめの企業規模: IT初心者の多い中小企業

業種別・規模別おすすめパターン

従業員30名以下のスタートアップなら無料で使える HRMOS勤怠 by IEYASU が最有力。給与計算とのトータル運用なら freee または マネーフォワード を、現場・店舗系なら タッチオンタイム、汎用的に高機能を求めるなら KING OF TIME が定番です。

よくある質問(FAQ)

Q1. 導入にどれくらい期間がかかりますか?

クラウド型は契約から最短即日〜1週間で利用開始できます。シフト設定や就業規則の反映に2〜4週間かかる場合もあります。

Q2. 既存の給与計算ソフトと連携できますか?

多くの主要ツールは freee / マネーフォワード / 弥生給与 / PCA / OBC等とCSVまたはAPI連携が可能です。詳細は各サービスの「連携先一覧」を確認してください。

Q3. GPS打刻・顔認証は必要ですか?

外勤・直行直帰が多い場合は GPS、不正打刻防止が重要なら顔認証や指紋認証が有効です。オフィス勤務中心ならPC・スマホ打刻で十分なケースも多いです。

Q4. 無料トライアルはありますか?

紹介した7サービスのうち、HRMOS勤怠は30名以下なら永久無料、その他は2週間〜1ヶ月の無料トライアルが用意されています。

まとめ

飲食業を23年やってきた俺(やまおか)から正直に言わせてもろうたら、勤怠管理ツール選びは「どれを入れるか」より「現場のスタッフが続けてくれるかどうか」のほうが100倍大事です。うちでも昔、機能てんこ盛りの高いシステムを入れたものの、ITが苦手なアルバイトの子らが使い方を覚えられず、半年で紙のタイムカードに逆戻りしたことがあります。だから絶対に「現場で実機検証」をすること。年配スタッフでも触れるシンプルさを最優先で見てください。30名以下なら HRMOS勤怠 を無料で試す、給与計算とまとめたいなら freee人事労務、本格的に多店舗運用したいなら KING OF TIME。どれも一長一短があるので、必ず2〜3サービスを並行で1ヶ月試してから決めましょう。これが俺の23年で出した結論です。

本記事は今後のアップデートで料金・機能変更を反映していきます。最終更新日: 2026年5月

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兵庫県神戸市出身。ラーメンチェーンで7年勤務した後、28歳で独立し自家製麺ラーメン店を経営(8年)。36歳で業態転換し、現在は東京都内に居酒屋3店舗を運営する飲食店経営者(48歳)。社員5名+アルバイト40名を束ねながら、シフト管理・パート/アルバイトの労務・最低賃金対応・36協定・採用と定着など、現場の労務課題に日々向き合っている。本サイトでは「勤怠・労務」「人事・給与」のカテゴリを担当。

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